Armazenamento a seco: Os cogumelos têm forte absorção de água. Quando o teor de água é alto, eles são propensos à oxidação e deterioração, podendo também mofar. Portanto, os cogumelos shiitake devem ser secos antes do armazenamento. Uma quantidade adequada de agentes higroscópicos, como cal granulada ou carvão seco, deve ser colocada no recipiente de armazenamento para evitar o retorno de umidade.

Armazenamento em baixa temperatura: Os cogumelos devem ser armazenados em local ventilado e com baixa temperatura.Se possível, o recipiente que contém os cogumelos pode ser lacrado e armazenado na geladeira ou câmara fria.

Armazenar longe da luz: Os raios infravermelhos da luz aquecerão os cogumelos e os raios ultravioleta desencadearão reações fotoquímicas, acelerando assim a deterioração dos cogumelos. Portanto, é necessário evitar armazenar cogumelos sob luz forte e evitar embalá-los com materiais transmissores de luz.

Armazenamento selado: A reação de oxidação é um processo necessário para a mudança qualitativa dos cogumelos. Se o fornecimento de oxigênio for interrompido, sua deterioração oxidativa pode ser inibida. Os cogumelos podem ser armazenados em recipientes seláveis, como latas e potes de cerâmica, e os recipientes devem ser forrados com sacos de comida. A abertura do recipiente deve ser aberta o mínimo possível, e o ar do saco forrado deve ser descarregado durante a vedação.Se possível, pode ser armazenado em sacos esgotados com oxigênio e cheios de nitrogênio.